Examinando por Autor "Cabria Ramos, J. C."

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Diseño de oligonucleótidos sonda para la detección de virus de interés en biodefensa
(Sanidad Militar, 2018) González López, L.; Peraile, Inés; Rozas Sanz, Gabriel; Cabria Ramos, J. C. ; Lorenzo Lozano, P.
Antecedentes: Los virus causan enfermedades en el hombre como la gripe, la rabia, la fiebre amarilla o la fiebre hemorrágica. Además, presentan características como alta variabilidad genética, virulencia y fácil transmisión y producción con infraestructuras mínimas, lo que les convierte en un problema de salud pública y de bioseguridad. Por todo ello, desarrollar sistemas de biodetección precisos y versátiles es un reto ante el cual, la tecnología de micromatrices de ADN, se presenta como un sistema de ideal. Objetivos: Diseño de oligonucleótidos sonda para la detección de especies pertenecientes a nueve familias de virus de interés en biodefensa. Material y Métodos: Se seleccionaron familias de virus de interés en biodefensa, se buscaron los genomas completos de los virus de referencia de cada una de ellas en las bases de datos (GenBank) y se identificaron fragmentos de 60 nucleótidos que cumplieran determinados condicionantes estructurales, evaluándose con BLASTN su capacidad de hibridación cruzada. Resultados: Se obtuvieron los genomas de referencia de virus pertenecientes a nueve familias. Se diseñaron un total de 54 nucleótidos sonda, seis de ellos correspondientes al virus de la gripe A tipo H1N1 y se clasificaron las secuencias según su índice de identidad, permitiendo predecir la capacidad diagnóstica de las sondas diseñadas. Conclusiones: Se han encontrado secuencias suficientes para identificar nueve familias de virus, de interés en la biodefensa, mediante la tecnología de hibridación de micromatrices de ADN.
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Optimización del proceso de inmovilización de anticuerpos en inmunobiosensores
(Sanidad Militar, 2018) Peraile, Inés; Gil García, M.; Guamán Collaguazo, C. E.; González López, L.; Cabria Ramos, J. C. ; Lorenzo Lozano, P.
Antecedentes: La detección rápida y específica de agresivos biológicos es fundamental en diversos campos como control ambiental, diagnóstico clínico, industria alimentaria, seguridad y defensa. La especificidad de la unión antígeno-anticuerpo es empleada en multitud de biosensores, como equipos de identificación de agentes de guerra biológicos, pero el cómo se una ese anticuerpo en la superficie del biosensor, en términos de densidad, orientación, y estabilidad determinará la capacidad diagnóstica del dispositivo. Objetivo: Desarrollo de procesos de inmovilización de anticuerpos en superficies planares que permitan una unión antígeno-anticuerpo eficiente, para su posterior uso en dispositivos inmunológicos de sensado. Material y Métodos: Se ensayaron tres métodos de inmovilización del anticuerpo-fluoresceína sobre una membrana Zprobe: adsorción pasiva, unión covalente con glutaraldehído (0,5 %) y unión orientada con proteína mediadora A/G (5 y 10 µg). Se seleccionó albúmina sérica bovina-ficoeritrina como simulante de toxina proteica. Resultados: El porcentaje de retención del anticuerpo inmovilizado durante el proceso de inmunocaptura fue similar en los métodos ensayados. La densidad del anticuerpo inmovilizado fue mayor en la inmovilización con glutaraldehído y menor con proteína A/G. Sin embargo, respecto a la eficiencia de la inmunocaptura del antígeno, la inmovilización del anticuerpo con glutaraldehído fue la menos eficiente frente a la inmovilización con proteínas A/G, que resultó ser la más eficaz. Conclusiones: La utilización de glutaraldehído en la inmovilización del anticuerpo, aunque incrementa la densidad de unión del mismo sobre una membrana Zprobe, interfiere en el proceso de inmunodetección antigénica, mientras que el uso de la proteína mediadora A/G permiten un sistema de inmunocaptura más eficiente, con una menor densidad de anticuerpo inmovilizado.
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Phenotypic and genetic analyses of 111 clinical and environmental O1, O139, and non-O1/O139 Vibrio cholerae strains from different geographical areas
(Cambridge University Press, 2012-08-05) Sellek Cano, Ricela; Niemcewicz, Marcin; Olsen, Jaran; Bassy Alvarez, Olga; Lorenzo Lozano, P.; Martí, L.; Roszowiak, A.; Kocik, J.; Cabria Ramos, J. C.
A total of 111 clinical and environmental O1, O139 and non-O1/O139 Vibrio cholerae strains isolated between 1978 and 2008 from different geographical areas were typed using a combination of methods: antibiotic susceptibility, biochemical test, serogroup, serotype, biotype, sequences containing variable numbers of tandem repeats (VNTRs) and virulence genes ctxA and tcpA amplification. As a result of the performed typing work, the strains were organized into four clusters: cluster A1 included clinical O1 Ogawa and O139 serogroup strains (ctxA + and tcpA +); cluster A2 included clinical non-O1/O139 strains (ctxA − and tcpA −), as well as environmental O1 Inaba and non-O1/O139 strains (ctxA − and tcpA −/tcpA +); cluster B1 contained two clinical O1 strains and environmental non-O1/O139 strains (ctxA − and tcpA +/tcpA −); cluster B2 contained clinical O1 Inaba and Ogawa strains (ctxA + and tcpA +). The results of this work illustrate the advantage of combining several typing methods to discriminate between clinical and environmental V. cholerae strains.
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Phylogenetic Placement of Isolates Within the Trans-Eurasian Clade A.Br.008/009 of Bacillus anthracis
(Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2019-12-12) Antwerpen, M.; Beyer, W.; Bassy Alvarez, Olga; Ortega García, María Victoria; Cabria Ramos, J. C. ; Grass, G.; Wölfel, R.; Ortega García, M. V. [0000-0002-6948-9591]; Bassy, O. [0000-0002-0554-8601]; Beyer, W. [0000-0002-6376-4230]; Unidad de Excelencia Científica María de Maeztu Centro de Astrobiología del Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial y CSIC, MDM-2017-0737
The largest phylogenetic lineage known to date of the anthrax pathogen Bacillus anthracis is the wide-spread, so-called Trans-Eurasian clade systematically categorized as the A.Br.008/009 group sharing two defining canonical single-nucleotide polymorphisms (canSNP). In this study, we genome-sequenced a collection of 35 B. anthracis strains of this clade, derived from human infections, animal outbreaks or soil, mostly from European countries isolated between 1936 and 2008. The new data were subjected to comparative chromosomal analysis, together with 75 B. anthracis genomes available in public databases, and the relative placements of these isolates were determined within the global phylogeny of the A.Br.008/009 canSNP group. From this analysis, we have detected 3754 chromosomal SNPs, allowing the assignation of the new chromosomal sequences to established sub-clades, to define new sub-clades, such as two new Spanish, one Bulgarian or one German group(s), or to introduce orphan lineages. SNP-based results were compared with that of a multilocus variable number of tandem repeat analysis (MLVA). This analysis indicated that MLVA typing might provide additional information in cases when genomics yields identical genotypes or shows only minor differences. Introducing the delayed mismatch amplification assay (DMAA) PCR-analysis, we developed a cost-effective method to interrogate for a set of ten phylogenetically informative SNPs within genomes of A.Br.008/009 canSNP clade strains of B. anthracis. By this approach, additional 32 strains could be assigned to five of ten defined clades. View Full-Text
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Protocolo para la identificación rápida y sensible de ricina en muestras ambientales ante una alerta biológica
(Sanidad Militar, 2017) Peraile, Inés; Lorenzo Lozano, P.; Gil García, M.; González López, L.; Cabria Ramos, J. C.; Jiménez Pérez, M. V.
Introducción: La ricina es una toxina muy potente que ha adquirido importancia por su potencial uso como arma biológica, fundamentalmente en forma pulverulenta. El desarrollo de métodos que permitan una detección rápida y temprana tras la exposición a la toxina permitiría reducir las tasas de morbilidad y mortalidad asociadas. Ante una alerta/amenaza biológica con una muestra sospechosa de contener ricina, la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RELAB), infraestructura de naturaleza científico-técnica creada mediante la Orden PRE/305/2009, autoriza el envío de la muestra al Instituto Nacional de Técnica Aerospacial (INTA), uno de los laboratorios de referencia que integran esta Red. Objetivos: Desarrollo de un protocolo para la detección de ricina basado en una doble detección, un ensayo inmunológico y un análisis proteico, para aumentar la fiabilidad del diagnóstico además de acortar sensiblemente el tiempo de respuesta del laboratorio. Material y Métodos: El diagnóstico inmunológico con anticuerpos in house combinados en un ELISA tipo Sandwich. El diagnóstico proteico mediante la técnica SDS-PAGE (electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato sódico) para determinar el tamaño y la estructura de las distintas proteínas de la muestra. Resultados: La optimización del marcado de los anticuerpos de detección así como la preparación y almacenamiento de placas previamente tapizadas/bloqueadas permite conseguir un ensayo muy sensible (<1 ng/mL) en un tiempo inferior a cuatro horas.
Restringido
Rapid identification of Bacillus anthracis by real-time PCR with dual hybridization probes in environmental swabs
(Elsevier, 2017-11-04) Bassy Alvarez, Olga; Jiménez, Oscar; Ortega García, María Victoria; Granja, Carmen; Cabria Ramos, J. C.
In the present study, we report the development of a real-time PCR assay for the identification of Bacillus anthracis, based on the amplification of a unique chromosomal marker, the E4 sequence, with dual hybridization probes. The assay was evaluated using a panel of ten B. anthracis strains, two B. anthracis isolates from human clinical samples, 12 B. anthracis environmental swabs and 40 non- B. anthracis strains. All 12 B. anthracis strains and clinical isolates were correctly detected, and the method did not show cross-reactions with other micro-organisms. Likewise, the E4 sequence was not found in those strains of B. thuringiensis and B. cereus closely related (homology > 90%) to B. anthracis by computer analysis. On the other hand, this molecular assay showed a high analytical sensitivity, 3.5 genome equivalents per reaction at 95% probability. Furthermore, the real-time PCR assay allowed sequence-specific detection of the amplicon (melting peak with a Tm of 63.5 °C ± 0.5 °C) without post-amplification procedures, which offers an additional advantage over other qPCR assays for B. anthracis detection. Finally, the performance of the method was successfully evaluated in 12 environmental samples. In summary, we have developed a rapid and specific method for the molecular identification of Bacillus anthracis in environmental samples.
Restringido
Recovery of Francisella tularensis from soil samples by filtration and detection by real-time PCR and cELISA
(Royal Society of Chemistry, 2008-01-17) Sellek Cano, Ricela; Jiménez, Oscar; Aizpurua, Carmen; Fernández Frutos, Begoña; De León, Patricia; Camacho, Maite; Fernández Moreira, Daniel; Ybarra, Carmen; Cabria Ramos, J. C.
The aim of this study was to develop a specific and highly sensitive method able to detect very low concentrations of Francisella tularensis in soil samples by real-time PCR (qPCR) with SYBR Green I. tul4gene, which encodes the 17-kDa protein (TUL4) in F. tularensis strains, was amplified using a LightCycler (LC) device. We achieved a detection limit of 0.69 fg of genomic DNA from F. tularensis subp. holarctica live vaccine strain (LVS), corresponding to a value less than 3.4 genome equivalents per reaction. The qPCR was shown to be specific, highly sensitive and reproducible. In addition, we evaluated 2 new methods for recovering bacteria from soil based on 1-step filtration using glass fiber filters and PVDF filters. These filtration methods enabled us to recover F. tularensis efficiently from soil samples. As few as 50 CFU per 0.5 g of soil were detected by qPCR. Capture enzyme-linked immunosorbent assay (cELISA) allowed us to detect and quantify the amount of bacteria recovered from soil by an immunological method. Although qPCR was more sensitive than cELISA, we did not observe substantial differences in the amount of bacteria quantified by both methods.
Restringido
Reuse of nanofibers in a Biological Warfare Agent detection nanophotonic sensing device
(CBRNE Research and Inovation, 2019-05-29) Peraile, Inés; Lorenzo Lozano, P.; González López, L.; Murillo, Nieves; Dabbagh Escalante, Nushin Alba; Rozas Sanz, Gabriel; Cabria Ramos, J. C.; Gil García, M.
"The use of biological injurious agent ravages not only at human population but also at livestock and crops [1], causing effects both on human health and on the economy [2]. Therefore, the fast and specific detection of these biological injurious agents is necessary in many fields such as environmental control, clinic diagnostic, food industry, Security and Defence. Therefore, much effort has been devoted to the development of new technologies for their detection and identification. The priority objective is to carry out a low cost, easy-of-use and specific device to be used on site and able to be miniaturized [3]. In order to meet this need, the specificity of the antigen-antibody binding is applied in a multitude of biosensors. Among these immuno-biosensors, biological warfare agent detection equipment stands out. Provided both the high costs for this equipment and the need for the first responders to move into the CBRN accident area, it could be desirable to have reusable detection devices. In the OPTONANOSENS project, an immuno-biosensor with nanophotonic sensing has been developing. In this device, nylon nanofibers with 5% pyridine, manufactured by Tecnalia laid on a metallic support is used to immobilized antibodies [4,5]. The aims of this work are both to make a comparison between several procedures which let these nanofibers to be reused in different detection events and the optimisation of the more suitable procedure which allows a repetitive use and reliable of the biofunctionalized nanofibers in the final sensing device."